解決ですよ

#container{
width:758px;
margin:0 auto;
background:#FFFFFF;
border-right: 1px #CCCCCC solid;
border-left: 1px #CCCCCC solid;

}

これはこのままで。これが正しいはずなので。

まず最初に思ったのは、IEでDOCTYPE 宣言が変化してような現象であるということ。少し前までは、ちゃんとした解釈でIEも表示できていたのに。

http://www.remus.dti.ne.jp/~a-satomi/bunsyorou/Doctype-Switch_situation.html#test-browserより。

Internet Explorer 6.0 (Win) について
DOCTYPE 宣言の出現以前に半角空白または改行以外の文字が存在する場合、有無を言わさず Quirks モードとなってしまうようです。という事は XML 宣言のある XHTML の場合は、上記理由で Quirks モードとなってしまうという～。なんじゃそりゃ。

そうなんだー。javascriptの調整の時に
<?xml version="1.0" encoding="Shift_Jis"?>
DOCTYPE 宣言の前にいれることによって、解釈が変化してしまっていたのだ。

それで、社長がブログに書いていたようにもう一つの方法であるpopupimage.jsのなかのプロパティを変えて、

if (document.all) {
//y = document.body.scrollTop + 32;←消すのが怖かったのでコメントアウト
  y = document.documentElement.scrollTop  + 32;

かつすべてのhtmlファイルの一行目に書いていた
<?xml version="1.0" encoding="Shift_Jis"?>を全部消した。

すると解決。キット解決。たぶん解決。